El nombre de este pueblo pertenece a la familia de los fitotopónimos, es decir, relativo a la vegetación, en este caso al Quercus ilex bajo el que era costumbre de los pueblos del norte celebrar concejos y asambleas.
Las primeras citas documentales de La Encina aparecen en el año 1352 en el Libro Becerro de las Behetrías, como lugar de Behetría de los Ceballos salvo un solar del Abad de Miera.
En el s. XVIII había un molino harinero de dos ruedas en el sitio de Torrentero, el cual continúa en pie actualmente, junto con otro en el sitio de Ruedas. Abundaban las tierras labrantías con prados y huertos, higueras, perales, manzanos, ciruelos, castaños y nogales. Se sembraba maíz, trigo y alubias. En cuanto al ganado que se criaba eran vacas de leche, novillas, cerdas y potros de recría.
El Diccionario Madoz de 1845 lo describe como situado en un llano con libre ventilación y clima saludable. Tiene 18 casas, una iglesia parroquial y una fuente de buenas aguas.